Конфліктний потенціал, який вивільнився в результаті розпаду Радянського Союзу і Югославії, із часом змінив форми прояву. На початку 1990-х років більшість спостерігачів і навіть професійних експертів-соціологів дотримувалося песимістичних поглядів на можливість не тільки врегулювання, але й згасання військово-політичних конфліктів на пострадянському і постюгославському просторах. Домінувала точка зору, що ці конфлікти з великою ймовірністю перекинуться на інші регіони, де ситуація була зовні спокійною, але передумови для етноконфесійних суперечок все одно існували. При цьому потенціал міжнаціональних конфліктів і етнотериторіального сепаратизму передбачався не тільки у Східній Європі і на пострадянському просторі (що природно, з огляду на специфіку їх історичного розвитку), але й у Західній Європі, де інтеграційні процеси, які тривають вже не одне десятиліття, здавалося б, повинні вивести розуміння національного питання на принципово інший рівень.
Нові незалежні держави, які з'явилися на місці колишніх «багатонаціональних» (власне кажучи багатоетнічних) країн - насамперед Радянського Союзу і Югославії – мали на меті відокремлення від колишніх «імперій» і створення для себе нового типу легітимності на етнічній основі. Політичні еліти нових державних утворень хоча й визнавали на словах необхідність рівноправності всіх громадян незалежно від етнічної приналежності, реально уявляли державне будівництво на базі домінування «титульного» етносу в політичній, економічній і культурній областях.
Однак на ділі в цю модель державного устрою найчастіше не вписувалися нетитульні етнічні меншості, національно-територіальні автономії, та й просто ті групи й індивідууми, яким важко було пристосуватися до нової етноцентричної державності і які продовжували вважати себе частиною старої «імперської» спільноти. До останніх відноситься більшість російського (у широкому змісті) населення колишніх союзних республік, хоча по мірі відходу колишніх «імперій» у минуле інтегрованість цих груп у суспільно-політичне і культурне життя нових держав поступово зростає. Збройні конфлікти, які виникли на територіях колишніх СРСР й Югославії, у першу чергу породжувалися кризою пристосування нових держав і різних етнічних (або суперетнічних) груп до нової «постімперської» реальності. У цьому - їх головна відмінність від більшості конфліктних ситуацій у «третьому світі», які, як правило, розвиваються всередині вже давно існуючих держав і визначаються як чисто міжнаціональні або міжконфесійні (зокрема, конфлікт між сингалами і тамилами у Шрі Ланці або курдський сепаратизм у ряді країн Ближнього і Середнього Сходу).
Кожна з конфліктних ситуацій на пострадянському і постюгославському просторах має власні рушійні сили, і кожен конфлікт по-своєму унікальний. У той же час основною причиною зіткнень різних етноконфесійних груп, які вилилися в тривалі військово-політичні конфлікти, стали суперечки навколо тих або інших територій і прагнення встановити над цими територіями контроль певного етносу (найчастіше під прикриттям гасла права націй на самовизначення). У цьому змісті до досліджуваних реалій застосовна концепція таких західних дослідників націоналізму, як Е. Геллнер або Е. Хобсбаум, які кваліфікують це явище як політичну ідеологію, що відстоює необхідність збігу державних кордонів з національними.
Виникнення подібного роду суперечок визначається тим, що адміністративні кордони були найчастіше окреслені або штучно (як у колишньому СРСР), або визначалися приналежністю в минулому різних частин єдиної держави до різних імперій - Австро-Угорської або Османської (як у колишньої СФРЮ). У кожному разі при розпаді СРСР й Югославії багато які із цих адміністративних кордонів перетворилися на державні і розсікли території компактного проживання тієї або іншої етнічної групи (наприклад, сербів, значна частина яких проживала в Боснії й Герцеговині та Хорватії, або осетинів, розділених між РФ і Грузією).
У цих умовах логічним для багатьох народів, які виявилися меншинами у нових незалежних державах, є прагнення підвищити статус своєї території. У ряді випадків ці території вже мали автономію у рамках колишніх союзних республік, в інших випадках мова йшла просто про «бездержавні» етнічні меншини. Далеко не завжди подібні ситуації приводили до серйозних конфліктів. Так, поступово стихли вимоги створити польську територіальну автономію у Литві, російську - в Естонії та Латвії, таджицьку - в Узбекистані і т. д. Не зростає вже протягом тривалого часу і кількість прихильників федералізації України, орієнтованої на відокремленні російськомовних регіонів Сходу, півдня країни і, особливо, Криму. Щоправда, політичний курс українського керівництва після «помаранчевої» революції 2004 року, спрямований на українізацію цих регіонів, спровокував пожвавлення цієї ідеї).
Нейтралізовано і спроби впровадити конфедеративну модель у відносини між окремими республіками в складі Російської Федерації (особливо Татарстаном) і федеральним центром, які здійснювалися на початку 1990-х років і загрожували поширенням трагічного досвіду Чечні. На території колишньої Югославії косовському прикладу не побажала слідувати Воєводіна, яка користувалася в часи СФРЮ таким же статусом автономного краю в складі Сербії, як і Косово, і мала значну частку угорського населення.
У той же час у тих ситуаціях, коли автономні утворення і націоналістичні лідери окремих громад твердо вирішили наполягати на підвищенні статусу своїх територій аж до відділення від «метрополії» (Косово, Абхазія) або шляхом зміни державної приналежності (Нагорний Карабах), неминуче виникали збройні конфлікти, у ході яких виявилося одне з основних протиріч міжнародного права. Якщо керівники нових незалежних держав, чиї міжнародно визнані кордони були порушені «сепаратистами», апелюють до принципу територіальної цілісності, то «самопроголошені» (або «невизнані») держави говорять про право націй на самовизначення.
Однією з особливостей пострадянських конфліктів у Центрально-Східній Європі виявилося те, що серед них було багато які не